学校法人は公益性の高い法人であることから、一般の株式会社とは異なる税務上の取扱いが認められています。しかし、すべての取引が非課税となるわけではなく、法人税・消費税ともに一定の課税関係が生じる点に注意が必要です。
１．法人税の取扱い
学校法人は、原則として「公益法人等」に該当します。そのため、法人税については次のような特徴があります。
（1）収益事業のみ課税
学校法人が行う本来の教育活動（授業料収入など）は非課税とされます。一方で、法人税の課税対象となるのは、収益事業から生じた所得のみです。
収益事業とは、法人税法施行令に定められた34業種に該当する事業をいい、例えば以下が該当します。
・物品販売業（売店・出版物販売など）
・不動産貸付業
・駐車場業
これらの事業から生じた所得については、通常の法人と同様に法人税が課されます。
２．消費税の取扱い
消費税については、法人税とは異なり、取引単位で課税・非課税を判定します。
（1）非課税となる取引
学校法人の主要な収入である以下は、消費税非課税となります。
・授業料
・入学金
・施設設備費
（2）課税対象となる取引
一方で、以下のような取引は課税対象となります。
・売店での物品販売
・不動産賃貸（条件により課税）
・駐車場収入
（3）仕入税額控除の制限
非課税売上が多い学校法人では、課税売上割合が低い場合、仕入税額控除できる金額が減少し、実質的な税負担が増加することがあります。
３．実務上の重要ポイント
（1）収益事業の区分管理
法人税では収益事業ごとの所得計算が必要となるため、会計区分の明確化が不可欠です。
（2）消費税の課税区分
消費税では、課税・非課税の判定を正しく実施する必要があります。
（3）簡易課税の検討
条件を満たす場合には簡易課税制度の適用も検討できますが、みなし仕入率との関係で有利不利の判断が重要です。
学校法人は非課税主体ではなく部分課税主体です。
教育活動と収益事業が混在する学校法人では、税務処理の誤りが生じやすいため、取引の性質に応じた適切な区分と管理が求められます。